Komik Shuumatsu no Harem bercerita tentang:

Tahun 2045 sebuah virus yang disebut PP Pembunuh Pria Merajalela dan membunuh 999 populasi pria di dunia Akibat virus itu keseimbangan dunia mulai terganggu dengan tidak adanya pria Pemberontakan kekacauan melanda semua negara di dunia Namun ada 5 pria yang berpotensi berhasil bertahan dari virus tersebut walaupun baru 2 dari ke5 pria itu yang terbangun umat manusia melihat sebuah cahaya kecil dalam keputusasaan itu Dan kisah ini berpusat pada pria yang disebut Nomer 2 yang bernama Mizuhara Reito Bagaimanakah dia akan menanggapi kenyataan yang ada Disaat dia masih mencari gadis tercinta yang membuat janji bersamanya